El tío de Nicolaus, Friedrich Nicolaus Bruhns , fue director del Consejo de Música de Hamburgo. El padre de Nicolaus, Paul, posiblemente alumno de Franz Tunder, era organista en la iglesia de St. Jakobi en Schwabstedt. La carrera de Nicolaus Bruhns solo se ha transmitido en fragmentos. Nicolaus probablemente recibió sus primeras lecciones de su padre. Dominó el órgano a una edad temprana y escribió buenas composiciones para piano y voz. Las impresiones musicales de la vecina Husum , probablemente la ciudad más rica de la costa norte de Frisia, también tuvieron un efecto en él. 

Cuando tenía 16 años y mostró suficiente talento para tocar el violín y la viola, su padre lo envió a él y a su hermano a vivir en Lübeck con su tío Peter, un músico municipal en Lübeck. Bruhns fue el representante más joven de todos los violinistas de Lübeck, cuya habilidad fue admirada en el país y en el extranjero. También fue el alumno predilecto de Dietrich Buxtehude, con quien estudió composición y perfeccionó su forma de tocar el órgano, y quién lo mandó al mundo con las más altas recomendaciones. Durante unos años trabajó como compositor y violinista virtuoso en Copenhague, donde los músicos italianos, entre otros, ampliaban sus medios estilísticos. 

Casa de Nicolaus Bruhns en Schwabstedt

Después de viajar durante algún tiempo por la región circundante, Bruhns obtuvo, gracias a un concierto dado al organista de la Nicolaikirche de Copenhague, Johann Lorenz el Viejo, un puesto como compositor y violinista en la corte allí. Bruhns se quedó en Copenhague durante unos años, como el organista adjunto de Lorenz. Probablemente apareció como un virtuoso del órgano y el violín en sus célebres conciertos nocturnos y en la corte real. Bruhns pudo haber estado activo como músico alrededor de 1683/84 en el área de Copenhague. A partir de 1684, el ayuntamiento de Kiel hizo publicidad con conocimiento o incluso en nombre del duque Christian Albrecht de Schleswig-Holstein-Gottorf, que vivía exiliado en Hamburgo sobre el joven organista y compositor. Le ofrecieron un apartamento y seguridad financiera,  y le pagaron, entre otras cosas, 2.400 Rthlr. Costos legales para su juicio en Copenhague. 

Aparentemente, Bruhns fue arrestado entre marzo y septiembre de 1685, aunque se desconocen los motivos. En enero de 1687, las actas informan de un intento fallido de liberar a Bruhns del arresto. Aparentemente, sus patrocinadores intentaron nuevamente en 1688 obtener una liberación. Después de la muerte del viejo organista Friedrich zur Linden de la antigua Marienkirche en Husum, en enero de 1689 el ayuntamiento quiso ofrecer este puesto a Bruhns, que ya había alcanzado cierta fama. Como no se sabía dónde estaba, el puesto solo se ocupó temporalmente y los padres de la ciudad intentaron localizar a Bruhns. Tras una audición el 29 de marzo en Husum, finalmente fue aceptado por unanimidad. Luego de su nombramiento como organista, Bruhns se casó con Anna Dorothea Hesse, la hermanastra de su tía. Tres meses después de su nombramiento en Husum, el ayuntamiento de Kiel le ofreció un puesto como sucesor del entonces organista de la Nikolaikirche, Claus Dengel, lo que provocó una acalorada discusión entre las dos ciudades. Como resultado, la ciudad de Husum prometió a Bruhns, como único organista, un aumento en el salario pagado de 100 a 500 táleros por año, lo que convenció a Bruhns de quedarse en Husum.

Con el cambio de diputados de Husumer en 1691, a Bruhns se le negó el aumento extraordinario de sueldo en contra de la voluntad del ayuntamiento. Presentó una demanda con

Edición discográfica de obras de Nicolaus Bruhns

el duque Gottorf , que también ganó. En su carta al duque, el consejo de Husum indicó que Bruhns necesitaba urgentemente el dinero. Además del órgano restaurado por Gottfried Fritsch en 1629, Bruhns también tenía a su disposición el coro vocal de la iglesia. Durante dos años trabajó con el cantor local Georg Ferber, conocido por su voz de bajo excepcionalmente eufónica y finalmente fue reemplazado por Petrus Steinbrecher. El músico de la ciudad Heinrich Pape asumió la dirección del conjunto instrumental. Bruhns tuvo cinco hijos, dos de los cuales habían muerto en la infancia, dejando tres niños al cuidado de su cuñado. Permaneció en Husum hasta su temprana muerte a causa de la tisis a la edad de 31 años y el 2 de abril de 1697 fue sepultado. En vista de que su único hijo, Johannes Paulus, había escogido teología como su profesión y fue pastor en la iglesia del monasterio de Preetz, fue sucedido por su hermano Georg Bruhns.

Bruhns era conocido mucho más allá de los límites de la ciudad de Husum como un virtuoso del órgano y el violín y ocasionalmente tocaba el violín y el pedal del bajo en el órgano al mismo tiempo. Desgraciadamente nada de la música de cámara de Bruhns ha sobrevivido, sobre todo sus composiciones para violín y viola. La cantata solista "Mein Herz ist bereit" se inicia con una brillante sonatina polifónica que despliega la técnica de dobles y múltiples detenciones de la escuela alemana del norte de los virtuosos del violín.
Debido a su temprana muerte, sólo nos han llegado cuatro obras completas para órgano y doce cantatas sagradas de Bruhns. También escribió música de cámara, que se ha perdido.

Las composiciones de Bruhns están determinadas en gran medida por su deseado impacto emocional, que prevalece sobre los aspectos formales. Bruhns fue contado entre los mejores autores de obras para órgano de su tiempo. Tres preludios y una fantasía sobre el coral “Nun komm der Heiden Heiland” son ciertamente de Bruhns. El trabajo vocal de Bruhns se puede dividir aproximadamente en tres categorías. Una parte está formada por los conciertos de composición completa, que consisten en una sola pieza coherente y adoptan los textos de los escritos sin cambios. La otra gran parte la constituyen los conciertos numerados, que –como la cantata en sentido estricto– constan de varios movimientos y parafrasean los textos originales . Utilizan todas las técnicas que también se utilizan en la ópera, como ritornellos , arias , dúos , tríos y coros. Respecto a la influencia de Bruhns en Johann Sebastian Bach la evidencia no es concluyente. Los obituarios de Bach por J. F. Agricola y C. P. E. Bach declaran que él tomó las obras para teclado de Bruhns, entre otros, como modelos.